2016及之前
| 软件名称 | 登记号 | 著作权人 |
| 软件过程动态人力资源调度系统 | 2012SR003042 | 中国科学院软件研究所 |
| 基于质谱的蛋白质非标记定量软件 | 2012SR062946 | 中国科学院软件研究所 |
| 基于质谱的蛋白质非标记定量软件（MPI+CUDA并行版） | 2012SR067229 | 中国科学院软件研究所 |
| 基于质谱的蛋白质非标记定量软件（MPI并行版） | 2012SR067234 | 中国科学院软件研究所 |
| 基于质谱的蛋白质非标记定量软件（CUDA并行版） | 2012SR067227 | 中国科学院软件研究所 |
| 通用非经典组合测试用例生成软件 | 2012SR108443 | 中国科学院软件研究所 |
| Murphi语言解析系统 | 2013SR136970 | 中国科学院软件研究所 |
| 带量词的布尔公式求解软件 | 2013SR158041 | 中国科学院软件研究所 |
| 基于Hadoop的大数据分析服务系统 | 2013SR137545 | 中国科学院软件研究所 |
| 数据密集型工作流执行引擎系统 | 2013SR137085 | 中国科学院软件研究所 |
| 面向Hive数据仓库的综合管理系统 | 2013SR137556 | 中国科学院软件研究所 |
| PaMC带参模型检测系统 | 2013SR040622 | 中国科学院软件研究所 |
| MODV存储一致性模型验证系统 | 中国科学院软件研究所 | |
| 电子化认知及手功能检查系统 | 2013SR147442 | 中国科学院软件研究所 |
| 内存数据网格数据访问引擎系统 | 2013SR048442 | 中国科学院软件研究所 |
| Web应用性能测试系统 | 2013SR048465 | 中国科学院软件研究所 |
| Web应用服务器多租户性能管理软件 | 2013SR048468 | 中国科学院软件研究所 |
| MobiPlus移动应用后端服务系统 | 2013SR054941 | 中国科学院软件研究所 |
| 云计算资源自动化管理系统 | 2013SR090474 | 中国科学院软件研究所 |
| 软件细粒度评价系统 | 中国科学院软件研究所 | |
| 软件缺陷潜在修复人推荐系统 | 2013SR066065 | 中国科学院软件研究所 |
| Murphi语言解析系统 | 2013SR085673 | 中国科学院软件研究所 |
| 浏览器字型云服务软件 | 中国科学院软件研究所 | |
| 个性化微博信息推荐系统 | 中国科学院软件研究所 | |
| 众包软件质量预测系统 | 2013SR085898 | 中国科学院软件研究所 |
| 云认证服务接口系统 | 2013SR015067 | 中国科学院软件研究所 |
| 路网受限环境运动轨迹可视化分析软件 | 2013SR046298 | 中国科学院软件研究所 |
| 互联网站点分类软件 | 2013SR008970 | 中国科学院软件研究所 |
| 移动对象位置可视化分析软件 | 2013SR137565 | 中国科学院软件研究所 |
| 浏览器字型云服务软件 | 2014SR006782 | 中国科学院软件研究所 |
| 个性化微博信息推荐系统 | 2014SR007592 | 中国科学院软件研究所 |
| 软件细粒度评价系统 | 2014SR013851 | 中国科学院软件研究所 |
| MODV存储一致性模型验证系统 | 2014SR014649 | 中国科学院软件研究所 |
| 儿童图形化编程系统 | 2014SR040886 | 中国科学院软件研究所 |
| 对称密码算法的立方攻击软件 | 2014SR079465 | 中国科学院软件研究所 |
| 高阶积分区分器自动搜索软件 | 2014SR079456 | 中国科学院软件研究所 |
| 基于外接可信模块的完整性保护系统 | 2014SR079429 | 中国科学院软件研究所 |
| 可信Windows度量与管控系统 | 2014SR078895 | 中国科学院软件研究所 |
| 可信工控完整性验证与管理系统 | 2014SR079346 | 中国科学院软件研究所 |
| 分组密码算法的中间相遇自动分析系统 | 2014SR079342 | 中国科学院软件研究所 |
| ARX类密码算法差分自动搜索系统 | 2014SR079339 | 中国科学院软件研究所 |
| 特征需求自动标注系统 | 2014SR096221 | 中国科学院软件研究所 |
| 软件众包任务资源配置支持系统 | 2014SR096250 | 中国科学院软件研究所 |
| 基于字的分组密码零相关线性闭包自动分析系统 | 2014SR097102 | 中国科学院软件研究所 |
| 基于彩虹攻击的密码分析系统 | 2014SR095487 | 中国科学院软件研究所 |
| 分组密码线性扩散层自动分析系统 | 2014SR097132 | 中国科学院软件研究所 |
| 大规模S盒差分特性分析系统 | 2014SR097126 | 中国科学院软件研究所 |
| 基于用户评论的软件需求获取系统 | 2014SR096265 | 中国科学院软件研究所 |
| 基于行为约束传播的并发系统状态空间约简软件 | 2014SR095741 | 中国科学院软件研究所 |
| 基于形式化模型的性能分析软件 | 2014SR109423 | 中国科学院软件研究所 |
| 分组结构最少差分活跃S盒个数估计软件 | 2014SR186480 | 中国科学院软件研究所 |
| 分组结构最少线性活跃S盒个数估计软件 | 2014SR186481 | 中国科学院软件研究所 |
| 基于近似碰撞的密码分析系统 | 2014SR186482 | 中国科学院软件研究所 |
| 数据流图的优化与调度软件 | 2014SR187087 | 中国科学院软件研究所 |
| 安全资讯平台软件 | 2014SR217465 | 中国科学院软件研究所 |
| MODV存储一致性模型验证系统 | 2015SR033817 | 中国科学院软件研究所 |
| GPU上的stencil代码自动生成系统 | 2015SR117614 | 中国科学院软件研究所 |
| 基于ARM的Linux内核调试验证系统 | 2015SR171786 | 中国科学院软件研究所 |
| C代码缺陷检测引擎程序 | 2015SR171792 | 中国科学院软件研究所 |
| 云应用智能部署系统 | 2015SR171794 | 中国科学院软件研究所 |
| Custard桌面管理器软件 | 2015SR176978 | 中国科学院软件研究所 |
| Custard数据管理器软件 | 2015SR177005 | 中国科学院软件研究所 |
| 面向操作系统内核和应用软件源代码在线协同分析、审核和批注的定制型软件 | 2015SR220934 | 中国科学院软件研究所 |
| CloudMon云计算系统一体化监控软件 | 2015SR284012 | 中国科学院软件研究所 |